Les Archives départementales du Territoire de Belfort ne sont pas nées de la Révolution française comme la plupart des autres services départementaux d'archives en France mais de cet accident de l'histoire qu'a été la guerre de 1870.
Avant cette date, le Territoire de Belfort n'était qu'un arrondissement du Haut-Rhin, partie intégrante d'une Alsace autrichienne depuis le XIVe siècle avant de devenir française en 1648.
En 1871, le traité de Francfort fit éclater l'arrondissement : 85 de ses communes furent annexées à l'Empire allemand avec le reste de l'Alsace-Lorraine ; les 106 autres restèrent à la France. Le Territoire de Belfort était né, mais il fallut attendre 1922 pour qu'un véritable département, avec un Préfet et non un administrateur à sa tête, fût créé.
La composition des fonds se ressent des liens qui ont longtemps uni la région de Belfort à l'Alsace. De nombreux documents intéressant l'histoire du Territoire de Belfort sont toujours conservés aux Archives départementales du Haut-Rhin. Des rétrocession ont été organisées pour permettre au Territoire de Belfort de se constituer des séries d'archives anciennes et modernes à partir des fonds pris en charge à Colmar avant la guerre de 1870. Il n'en reste pas moins qu'une recherche concernant la région de Belfort sous l'Ancien Régime ou entre la Révolution et 1870 ne saurait être complète sans une visite aux Archives départementales du Haut-Rhin.
Les Archives départementales du Territoire de Belfort présentent une autre particularité : la richesse de leurs fonds d'archives d'entreprises, qui tient au développement industriel précoce du nord de la Franche-Comté et à une politique de collecte volontariste entamée dans les années 1970. Deux de ces fonds d'archives d'entreprises revêtent une importance majeure : les fonds Japy et Alsthom.
