La commune de Joncherey s'inscrit dans l'unité de paysage du Sundgau des étangs et des forêts.
Cette unité, par rapport au Sundgau ouvert présente une couverture forestière plus importante. Cela se traduit par des paysages qui se finissent toujours par une bordure forestière. Les villages, ou l'activité agricole est tournée principalement vers l'élevage, sont disposés dans les vallées.
